Desde principios de siglo, el futbol era habitual en Aconcagua, y sobre todo en San Felipe. Un cantidad de clubes amateur adornaban el balompie local.

Con la creación de la liga profesional en el año 1933, la discusión de tener un club de futbol que representara a la ciudad fue creciendo. Diversas jornadas entre la década de 1940 y 1950 se animaron en salones sanfelipeños, no logrando los clubes ponerse de acuerdo.

En la decada del 50, Santiago Morning, club de Santiago que por causa del poco arraigo, presento credenciales para trasladarse a San Felipe, sin el exito esperado. 

Sin embargo, una serie de reuniones entre clubes de la zona, logro potenciar firmemente la idea de incluirse en la creada Segunda División en la decada del 50. No fue hasta 1956, que varios equipos locales, con algunas traiciones de ultima hora, dejaron al Tarcisio y al Internacional, con la obligación de dar forma a un club deportivo.

Es así como "Unión San Felipe" se funda un 16 de octubre de 1956, gracias a la fusión de los ya mencionados clubes amateurs Internacional y Tarcisio, acto que se llevó a cabo en el Salón Principal del Cuerpo de Bomberos de San Felipe. Los pioneros de esta fusión que dio nacimiento al Uni-Uni fueron: por la 2.ª Cía. señor Carlos Gallardo Albani, Ismael Herrera Benítez, Juan Mira Abello y José Vargas Olea. Por el Club Tarsicio: Juan Sabaj Dihmes, Tomás Martínez Valdez, Manuel Juárez Revanal y Luis González. Se contó con la unanimidad de los Voluntarios de esta Compañía así como de los socios del recordado club del padre Bustillo.

Luego de la fundación y algunos juegos amistosos, entre ellos el primer partido disputado, frente a Estrella Roja de Santa Maria, en el estadio municipal de aquella ciudad, el club fue invitado a participar en el Regional Central el año 1957, torneo en el que termino en segunda posición, y cuya campaña, mas las adelantadas conversaciones politicas en el ambito del futbol, posibilitaron que al año siguiente, fuesen aceptados a jugar en el profesionalismo, la Segunda División del fútbol chileno.

En su primera participación Segunda División del fútbol chileno en el año 1958, bajo la campaña de José Luis Boffi en primera instancia y de Delfin Silva a posteriori, el club se ubicó finalmente en el quinto lugar.​ En el año 1959, y bajo el mando de Ulises Ramos, la escuadra albirroja finalizó octavo entre doce equipos, y en el año 1960, esta vez bajo el mandato de Julio Baldovinos, el equipo terminó el campeonato en tercera posición con 30 puntos; a un punto de Deportes La Serena y a cinco del campeón Green Cross, dejando un buen camino para lo que vendría

La buena campaña realizada en 1960 por Baldovinos, y la llegada de algunos refuerzos de calidad, como el delantero Roberto Bellomo, permitieron consolidar un campeonato memorable, en el cual el Uni-Uní perdió un solo juego (5-3 frente a Coquimbo Unido).

La campaña en 1961 fue casi perfecta, San Felipe logró el ascenso a la Primera División al finalizar el campeonato en segunda posición, a sólo un punto del campeón Unión La Calera, quien termino el torneo invicto. 

A la figura de Bellomo, hay que sumar nombres habituales en aquellas jornadas en el Municipal como: Salvador Gálvez, José Figueroa, Mario Álvarez, Víctor Castillo, Florindo Ibaceta, Onofre Lobos, Hernán Cruz, Luis Vásquez, Rene Cárdenas, Pedro Álvarez, entre otros que terminaron siendo la base de la década del 60 en Primera División.

El ascenso, no solo consolido un equipo formado en lo local, sino que también recibió nuevas figuras, que quedarían en la historia. Llego desde Argentina un 9 que seria a la larga el goleador histórico del Club: Felipe Bracamonte. Pasaron además jugadores que brillaron en el balompié nacional como: Sergio "El Charola" González. Se plasmaron récords que aun se mantienen vigentes, como los 3 penales atajados en un partido por Salvador Gálvez.

En cuanto al debuto, el primer partido que se disputó en Primera División fue un empate sin goles frente a O'Higgins en el Municipal de San Felipe. Al finalizar el campeonato se ubicó en noveno lugar entre 18 equipos, destacando las goleada por 5 a 1 sobre Green Cross en Santiago.​ Al año siguiente, con el mismo plantel, volvió a quedar en la medianía de la tabla, ubicado en octavo puesto.

Sin embargo, el desgaste del equipo, y la falta de recursos para potenciar al plantel, dio pie para que en los años siguientes el club realizara campañas mediocres. En el año 1964 finalizó en la decimoquinta posición y solo a tres puntos del descenso,​ y en los años 1965 y 1966 no mejoró mucho su andar en la divisional, finalizando decimocuarto.​ En el año 1967, San Felipe volvió a encumbrarse en la medianía de la tabla, al quedar en octava posición.​

Sin embargo, la temporada siguiente, en un torneo extenso, caracterizado por varias etapas (provinciales, nacional y torneos de descenso) en el cual nunca pudo encontrar el rumbo y tras siete años consecutivos en Primera, se descendió a la Segunda División en 1968.

El descenso y la estampida de jugadores, significo una reinvensión para el club. Recambio que tuvo una consonante que ha marcado toda su historia, la carencia de recursos. Jugadores locales y amateurs, llegaron a dar vida al club en el reinvento.

Asi fue como en 1969, y bajo la dirección técnica de Guillermo Diaz, busco el reencuentro con la Primera División, sin embargo el club termino en un 6to puesto, lejos de las opciones de ascender de inmediato.

Al año siguiente, 1970, con el equipo sumido en una depresión deportiva y económica, el club aposto por un entrenador desconocido para el medio, Luis Santibáñez. El técnico, con una base de jugadores locales, e inserciones modestas, logro a final del temporada sobrepasar por un punto a Iberia de Los Ángeles, consiguiendo así el ascenso a Primera División y su primer título en el profesionalismo.​

En el año 1971, Unión San Felipe, con la misma base futbolistica, mas algunos refuerzos, logro mantener una identidad de juego y por sobre todo, repetir lo obrado el año anterior en la B. Sorprendió al mundo futbolistico de todo el pais y se coronó campeón del fútbol chileno al finalizar el campeonato aventajando por dos puntos a Universidad de Chile, y por cuatro a Unión Española.​ Hasta la fecha, Unión San Felipe es el único equipo de Chile que ha logrado conquistar consecutivamente el campeonato de Segunda y el de Primera División.​

El exito deportivo, no significo una mejora en lo económico, y menos en una madurez en lo dirigencial. La estampida del club fue mayoritaria, todos en busca de un mejor pasar. Desde jugadores hasta el mismo técnico. Y las decisiones desde la cabeza, no fueron las mas acertadas llegando con una pesima preparación a la Copa Libertadores de aquel año. 

En el torneo, el club compartió grupo con Universidad de Chile, y con los equipos peruanos Universitario y Alianza Lima. Por cuestiones normativas, jugó todos sus partidos como local en el Estadio Nacional, ya que el Estadio Municipal de San Felipe no contaba con los requisitos para albergar los partidos de la Copa. 

En su primer partido el Uní-Uní logró vencer a Universidad de Chile por 3 a 2, siendo este el único triunfo, finalizando su participación como último en su grupo con cuatro puntos (1 triunfo y 2 empates).

La mala planificación, tuvo repercusiones en el torneo local, Unión San Felipe realizó una muy horrible campaña, ubicándose en penúltimo lugar, solo a dos puntos del descenso.

La inamdurez dirigencia, que genero el colapso deportivo en 1972, fue la clave para lo que vendria años posteriores.